Come attesta don Pietro Occelli, «nel 1950 fu possibile finalmente costruire la cripta della Chiesa per iniziativa coraggiosa dei Rev. Don Stella Carlo e Don Fornasari Eugenio che in due tempi erano succeduti a don Pietro come economi parroci. I debiti purtroppo costrinsero ad una nuova battuta di arresto e solo nel 1957, dopo laboriose pratiche presso il Ministero del Lavoro, Opere del Lazio, per interessamento diretto del Card. Clemente Micara di v.m., ottenni l’approvazione del progetto definitivo del Tempio e il contributo statale per il rustico di 40 milioni (legge Aldisio). La Pia Società San Paolo contribuì con il prestito di altri 50 milioni. Il 18 marzo 1959 il Tempio e l’Altare Maggiore venivano consacrati dall’allora Vicegerente del Vicariato S.E. Luigi Traglia. La lapide in marmo nell’ambulacro dell’ingresso destro della facciata ricorda il fausto avvenimento».
All Cripta si accede dall’ingresso di Via Luigi Perna 3
Nell’abside della Cripta sono collocati il Cristo di Raul Vistoli (dono del Campidoglio) e due affreschi del Licini dedicati alla Battaglia del Forte Ostiense e a Suor Teresina e il Tedesco. Vi sono inoltre, su quadro, i dipinti del Licini dedicati uno a Pio XII (con mons. Montini) sul luogo del bombardamento di San Lorenzo e l’altro alle Fosse Ardeatine con il ritratto di don Pietro Pappagallo, che ispirò la figura dell’eroico sacerdote del film Roma città aperta del Rossellini.